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网络爬虫一般是根据预先设定的一个或若干个初始网页的URL开始,然后按照一定的规则爬取网页,获取初始网页上的URL列表,之后每当抓取一个网页时,爬虫会提取该网页新的URL并放入到未爬取的队列中去,然后循环的从未爬取的队列中取出一个URL再次进行新一轮的爬取,不断的重复上述过程,直到队列中的URL抓取完毕或者达到其他的既定条件,爬虫才会结束。具体流程如下图所示。牛奶沙糖妙手烹,擅消暑热使心清。例如,我们描述了卵巢癌样本中原始RNA-seq数据的分析,以定义排序gene list7。对reads进行质控和过滤(例如去除低质量碱基)并比对到全基因组范围的参考转录本,以对每个转录本比对到的reads进行计数。reads计数在基因水平上汇总(对每个基因计数)。通常,可获得多个实验条件(两个或更多个,例如治疗和对照)中的每一个的多个生物学重复(三个或更多个)的RNA-seq数据。不同样品对应的每个基因的reads计数进行标准化,以去除样品之间不必要的技术性差异(例如,由于测序lane或每测序获得的总reads数的差异)26,27,28。接下来,检验每个基因的reads数是否在样品分组之间存在差异表达(例如,处理与对照)(RNA-seq和芯片数据分别对应补充流程1和2)。R包如edgeR 29,DESeq 30,LIMMA / VOOM 31,32和Cufflinks 33等,用于RNA-seq数据标准化和差异表达分析。差异基因表达分析结果包括:(i)描述差异表达显著性的 P值; (ii)相关 Q值(又称校正后的 P.值,是对所有基因的多重检验进行校正(例如,通过使用BH-FDR程序34(box3)); (iii)表达变化的效应大小和方向,上调的基因是阳性的,在列表的顶部;下调的基因是阴性的,在列表的底部,通常表示为log-transformed fold-change。然后依据一个或多个值对gene list进行排序(例如-log10 P值乘以log-transformed fold-change),进行通路富集分析研究。神马手机午夜在线观看

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